Se graduó en 1993 en la Facultad de Filosofía de Múnich. En Alemania, fue presidente del Consejo Asesor de MISEREOR, la agencia de la Conferencia Episcopal Alemana para la cooperación al desarrollo, y asesor de la Comisión de Migración de la Conferencia Episcopal Alemana. Fue responsable del desarrollo de proyectos y asociaciones en Jesuiten Weltweit, el trabajo de los jesuitas alemanes por la solidaridad internacional. También impartió cursos sobre estudios migratorios y fue profesor invitado en varias universidades de Wurzburgo, Múnich y Viena. Desde diciembre 2022, es el director internacional del Servicio Jesuita a Refugiados (JRS). Amaya Valcárcel Silvela es doctora del Programa Migraciones Internacionales y Cooperación al Desarrollo impartido por la Pontificia Universidad de Comillas.